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Santé

18 - 05 - 2020

Les coronavirus animaux sont-ils tous un risque pour l’humain ?

Si le SARS-CoV-2 est d’origine animale, c’est loin d’être le seul virus à avoir franchir la barrière des espèces pour infecter l’humain. Faut-il donc craindre les virus animaux ou plus particulièrement les coronavirus ? Les chercheurs vétérinaires en première ligne rassurent, l’évènement reste rare. Avant qu’un virus ne s’adapte entièrement à une transmission dans la population humaine, beaucoup de facteurs doivent être réunis. Et même si les coronavirus sont particulièrement prédisposés à franchir la barrière des espèces, rien n’indique qu’ils seront responsables de la prochaine émergence.

 

SARS-CoV en 2003, MERS-CoV en 2012, et désormais SARS-CoV-2 les coronavirus d’origine animale se font connaitre depuis maintenant 20 ans pour leur transmission chez l’humain. Cependant, cette famille de virus fait des ravages chez les populations animales depuis bien plus longtemps. Elle n’est que trop bien connue des services vétérinaires qui ont donc naturellement une place particulière dans la crise actuelle.

 

 

Les particularités des coronavirus – ce que la médecine vétérinaire nous apprend

 

« Les vétérinaires connaissent très bien les coronavirus, sans doute même beaucoup mieux que les médecins, » explique au GIRCOR Jean-Luc Guerin, professeur à l’Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse et à la tête du groupe Aviculture & Pathologie Aviaire. Confrontée, entre autres, à l’impact économique significatif de ces pathogènes, surtout dans les élevages de jeunes ruminants, de porc ou chez le poulet et la dinde, cela fait des années que la médecine vétérinaire s’attèle à trouver des solutions aux challenges que posent le diagnostic et la vaccination contre ces pathogènes.

 

Des problématiques d’autant plus importantes que les coronavirus touchent de nombreuses espèces de mammifères et d’oiseaux provoquant des symptômes très variés.

 

« Un coronavirus reste un coronavirus, quelle que soit l’espèce touchée, mais les tissus ciblés peuvent différer. Un coronavirus peut avoir un tropisme respiratoire ou digestif voire même génital. Certains peuvent également présenter une variabilité très forte, c’est le cas de la bronchite infectieuse chez l’oiseau, » raconte le Pr. Guerin. Et en effet, de nombreuses souches de bronchite infectieuse circulent dans le monde, pouvant, du jour au lendemain, provoquer une nouvelle épidémie.

 

Mais, ce n’est pas le cas pour la majorité des coronavirus. « Il faut savoir que les coronavirus ne mutent pas beaucoup par rapport à un virus grippal et évolue relativement peu, » rassure Pr. Guerin. Si on se base sur les connaissances chez l’animal, il est donc peu probable que le SARS-CoV-2 nécessite une immunité nouvelle chaque année comme c’est le cas pour les virus grippaux.

 

Cependant, cela ne veut pas dire que les coronavirus ne peuvent pas se transformer – la pandémie actuelle en est l’exemple – mais leur évolution s’effectue sur un laps de temps plus long.

 

En effet, ils sont plus susceptibles à ce qu’on appelle des recombinaisons de génome, c’est-à-dire l’échange de matériel génétique entre virus pour former des virus chimères. « Si un virus qui infecte une espèce A rencontre un virus d’une espèce B, les virus A et B peuvent échanger une partie de leur génome et faire un virus C qui est complètement nouveau. C’est là que ça devient plus embêtant. Les caractéristiques du virus peuvent complètement changer et des aptitudes de franchissement de la barrière des espèces que n’avait ni A ni B peuvent apparaitre, » informe le Pr. Guerin.

 

N’importe quel virus peut effectuer ce genre de recombinaison, mais les coronavirus ont la particularité d’avoir un génome très long, et regroupé sur un unique chromosome ce qui les rend d’autant plus propices à ce genre d’évènement. Le génome de SARS-CoV-2 fait quasiment 30 000 nucléotides, ce qui est long pour un virus ARN en un seul brin.

 

En comparaison, le virus de la grippe possède 8 segments qui peuvent se mélanger comme des chromosomes, et produire de nouvelles souches de virus. Ce phénomène de réassortiment peut s’effectuer à n’importe quelle division cellulaire et est donc beaucoup plus courant.

 

C’est donc leurs singularités génétiques qui confèrent aux coronavirus ce caractère volatil qui leur permet de franchir d’une espèce à une autre et qui leur attire les foudres du moment.

 

 

Faut-il donc s’inquiéter de tous les coronavirus ?

 

Les coronavirus animaux présentent donc un risque pour l’espèce humaine, bien identifié depuis maintenant des années. Mais même en connaissance de cause, il n’est pas possible de prédire l’émergence d’un pathogène chez l’humain.

 

« Si c’était le cas, on ne serait pas dans la situation actuelle, » explique Pr. Guerin. « A ce jour on n’est pas capable d’anticiper et trouver le bon candidat pour une émergence future. » Cependant, il est tout de même possible d’identifier des pathogènes, des réservoirs hôtes et des régions dans le monde plus à risque.

 

Même au sein de la famille des coronavirus, il existe des sous familles qu’il faut plus surveiller que d’autres, comme les betacoronaviridea qui nous concernent ici (SARS-CoV, MERS-CoV, SARS-CoV-2).

 

La recherche actuelle permet d’analyser et cibler les virus animaux qui ont la capacité d’infecter les cellules humaines et qui présentent donc un risque plus important. Et d’après le Pr. Guerin, en ce moment même, un travail à grande échelle, tente de décrire des correspondances entre tous les virus animaux et les cellules . Mais c’est un travail très important d’autant plus qu’il est soumis, par définition, à la fluctuation des virus.

 

Mais les études ont beau pointer certains virus du doigt et décrier certaines situations à risques, tout ne reste que probabilité. Dans l’émergence, il y a aussi une part de hasard qu’il faut prendre en compte.

 

« Même si les coronavirus posent statistiquement plus de risques, ça ne veut pas dire que la prochaine émergence sera un coronavirus ou que si c’est un coronavirus, il viendra d’une chauve-souris ou que ce sera en Chine. » annonce Pr. Guerin. Et c’est d’autant plus vrai que toute émergence ne devient pas forcément pandémie.

 

Même si des candidats à risque sont identifiés et surveillés, plusieurs conditions doivent être réunies pour aboutir à une véritable pandémie mondiale. « Il ne faut pas juste qu’un virus traverse la barrière animal-humain. Il faut qu’il y ait ensuite une transmission humain-à-humain, ou encore une létalité modérée. Il se trouve que l’exemple que nous vivons actuellement montre que c’est malheureusement possible mais ce sont des circonstances particulières. Et évidemment exceptionnelles, » souligne Pr. Guerin.

 

La difficulté de l’exercice, c’est qu’en règle générale, une émergence, ne ressemble jamais à la précédente. On ne peut pas simplement raisonner dans le cadre de ce qui s’est passé précédemment.

 

 

Le rôle de la recherche animale en médecine vétérinaire dans la lutte contre l’émergence de virus zoonotiques

 

 

Aujourd’hui, les experts estiment que 60% de toutes les maladies infectieuses humaines émergentes proviennent de populations animales. Il est donc crucial de mieux comprendre les pathologies animales dans le but d’anticiper une infection vers l’humain. Le concept de santé universelle One Health prend ici tout son sens.

 

Il va aussi falloir tirer les leçons du passé, tout en ayant un regard sur le futur. Les études chez l’animal en médecine vétérinaire pourront aiguiller sur les facteurs de risque les mécanismes qui rendent possible ces phénomènes d’émergence. Une meilleure connaissance du catalogue de virus présent chez les animaux permettra d’anticiper des besoins en médecine humaine.

 

Dans ce sens, les vétérinaires ont un rôle primordial dans la lutte contre les maladies émergentes, d’une part dans la description de ce qui se passe chez l’animal, mais également en maitrisant et limitant les interfaces animal-humains qui facilitent le franchissement des barrières.

 

« On ne fait pas que du médical mais aussi un travail de surveillance et de biosécurité. Le rôle des vétérinaires et du personnel impliqués dans les approches d’écologie des maladies ont un rôle essentiel en première ligne. C’est indéniable, » conclut le Pr. Guerin. « Cependant la crise actuelle est également une leçon d’humilité. Si on l’avait vu venir, on n’en serait pas là. »